Përveç ndotjes industriale, ajri ndotet edhe për shkaqe natyrore me origjinë gjeo-atmosferike. Janë pikërisht fenomenet si vullkane, zjarre në pyje, stuhi rëre apo stuhi detare dhe deri te polenet bimore, të cilat i krijojnë ajrit një ndotje natyrore. Dhe janë shpërthimet vullkanike ndotësit më të mëdhenj natyrorë të cilët emetojnë në ajër re të mëdha pluhuri dhe tymi me përmbajtje squfuri, karboni, azoti.
Po ashtu, zjarret në pyje që përfshijnë sipërfaqe masive pyjore, çlirojnë në atmosferë sasi të mëdha të CO2 dhe CO. Edhe stuhitë e rërës konsiderohen ndotës të ajrit atmosferik. Megjithatë, pjesa më e madhe e kësaj ndotje është ranore dhe nuk qëndron për shumë kohë në ajër.
Një tjetër ndotës natyror i ajrit, janë stuhitë e forta detare të cilat ngrenë në ajër spërkla uji dhe grimca kripe të pasura me lëndë organike si baktere apo viruse të ndryshme të cilat janë edhe burim epidemie.
Ndërsa në një masë më të vogël, ajri ndotet edhe nga fenomeni natyral i reve të padukshme të poleneve, të cilat ndjekin rrymat ajrore duke transportuar polene dhe ndotës të tjerë, në distanca qindra km larg vendburimit të poleneve.
Të gjithë këta ndotës natyrorë të ajrit, i shtohen ndotjes së madhe industriale që njeriu i ka bërë ndër vite natyrës…
